En octobre 1801, Bonaparte décide d'envoyer un corps expéditionnaire pour reprendre en main la colonie de Saint-Domingue. Arrivés fin janvier 1802, les Français du général Leclerc doivent débarquer de vive force et combattre les Noirs qui opposent une résistance acharnée. Leclerc finit par triompher et soumettre Toussaint Louverture, début mai. C'est alors que la fièvre jaune, apparue avec la saison des pluies, ravage l'armée européenne mal préparée au climat tropical. Les pertes sont effrayantes car il n'existe aucun traitement curatif et la maladie est aggravée par le manque d'hygiène et l'incurie du service de santé qui manque de tout. Il meurt plus de cent soldats par jour, les renforts n'arrivent pas et le corps expéditionnaire se réduit bientôt à 3 000 hommes réfugiés dans les villes. En juillet, la rébellion reprend : Leclerc combat une guérilla et une armée régulière indigène qui occupent presque tout le territoire. Il meurt à son tour de la fièvre jaune, le 2 novembre 1802, laissant le commandement au général Rochambeau qui capitulera au Cap-Français fin novembre 1803. L'indépendance de Saint-Domingue est proclamée, le 1er janvier 1804, sous le nom d'Haïti.