Lorsque Bonaparte quitte l'Egypte, il laisse le commandement à Kléber. Celui-ci tente de négocier avec les Anglais et les Ottomans le retour de l'armée d'Orient en France mais le massacre de la garnison d'El-Arich met fin aux négociations. Le 20 mars 1800, les soldats français affrontent et battent l'armée ottomane de Youssef-Pacha autour des ruines d'Héliopolis. Ils doivent ensuite mener un siège de près d'un mois pour réoccuper le Caire entré en rébellion. Après ce combat, l'Egypte connaît une période de paix que viendront interrompre l'assassinat de Kléber par un fanatique musulman et son remplacement par le piètre général Menou.